Ничего подобного не обнаружил. При установке мода выполняется скрипт, принудительно меняющий текущие параметры по умолчанию для всех пользователей (см. последние абзацы описания). Но потом вручную всё легко меняется, как кому надо. И сохраняется. При удалении мода никакие скрипты не выполняются (то есть отката для изменений в базе данных я не делал).
Это на RC3 наблюдается?